宇宙世紀0001年、西暦から宇宙世紀への改暦が行われる世紀の節目であるその年に、後世において「ラプラス事件」と呼ばれるテロ事件が勃発した。
この事件によって地球低軌道に浮かぶ首相官邸「ラプラス」は崩壊し、初代地球連邦首相リカルド・マーセナスと多くの政府要人が死亡する。
混乱の中、テログループのメンバーの一人、サイアム・ビストは地球連邦政府を根本から転覆させうる力を秘めた「ラプラスの箱」を手中に収める。
時は過ぎ、宇宙世紀0096年、アナハイム・エレクトロニクス工業専門学校の学生バナージ・リンクスはオードリー・バーンと名乗る少女と出会う。
戦争を止めたいと言うその少女には大きな秘密があった。
彼女の力になるべく、バナージはビスト財団の当主カーディアス・ビストが居るコロニービルダー、メガラニカへオードリーを導く。
時を同じくして地球連邦軍とネオ・ジオン軍残党「袖付き」は、サイアム・ビストがかつてラプラス事件の際に手中に収めた、謎多きラプラスの箱を巡って暗躍していた。
カーディアスの意志によりラプラスの箱はジオン軍残党に引き渡されようとしていたが交渉は決裂し、オードリーの願いも虚しく再び戦いが始まってしまうのであった。
一度はオードリーに拒絶されたバナージであったが、戦火から彼女を守るべく奔走する。
その中でバナージは、偶然か運命か白亜のモビルスーツと見(まみ)える。
バナージは父親であるカーディアスから彼の望みと共に白亜のモビルスーツ「ユニコーンガンダム」を託され、かつてガンダムに選ばれた少年たちと同じく戦いに身を投じる。
今一度問おう。君は、生き延びることが出来るか…?
STAGE 01 「ユニコーンの日」
STAGE 02 「パラオ攻略戦」
STAGE 03 「ラプラスの亡霊」
STAGE 04 「重力の井戸の底で」
STAGE 05 「宇宙と地球と」
STAGE 06 「虹の彼方に」