宇宙世紀0093年、先のグリプス戦役以降消息不明だった、シャア・アズナブル(キャスバル・レム・ダイクン)は、サイド1(スウィートウォーター)を根拠地とするネオ・ジオンを率いて地球連邦政府に対し反抗を始める。
ネオ・ジオンは小惑星5th(フィフス)ルナを地球連邦の首都があるチベットのラサに衝突させようとする。
地球連邦軍の外郭部隊ロンド・ベルは、これを察知し阻止に動くも、5thルナ落下を阻止することは出来なかった。
ネオ・ジオンはアデナウアー・パラヤを始めとする地球政府高官と密かに裏取引を行い、スペースコロニー・ロンデニオンにて停戦交渉に合意する。
しかし、これはシャアの謀略であり取引によって得た小惑星アクシズを地球に衝突させるべく再び作戦を開始した。不意を打たれた地球連邦は対応する間もなかった。
合意が偽りであることを察していたロンド・ベルは核ミサイルを準備、やがてロンドベルとネオ・ジオンとの間で戦端が開かれる。
アムロは自ら開発に加わった新型モビルスーツ・νガンダムを駆り、アクシズを目指す。
初めは敵として時に味方として人生を交えてきた宿命ライバル、アムロとシャアの最後の戦いが始まろうとしていた。
STAGE 01「隕石のあとさき」
STAGE 02「宇宙の虹」